Journée thématique du groupe de travail AQS (Analyse d'images, quantification et statistique) de la Société Française de Statistique

Date : 24 Octobre 2008
Lieu : CEA/GRENOBLE, 17, rue des Martyrs, 38054 GRENOBLE cedex 9, bât. 4028, pièce 402.
Horaire : 10h00-16h00

Comité scientifique :
- Pierre GRANGEAT, Département microTechnologies pour la Biologie et la Santé, CEA/DRT/LETI, MINATEC (pierre.grangeat@cea.fr)
- Benno SCHWIKOWSKI, Unité de Biologie Systémique, Institut Pasteur (benno@pasteur.fr)
 
Organisation SFdS :
- Bernard CHALMOND, Centre de Mathématiques et Leurs Applications, CMLA-ENSC, (Bernard.Chalmond@cmla.ens-cachan.fr)
 
Thème
Le protéome désigne l’ensemble des protéines que l’on peut trouver dans un milieu biologique donné. A travers leurs mécanismes internes, les cellules émettent des protéines synthétisées à partir des gènes. L’étude de ces protéines permet d’étudier et de caractériser le fonctionnement des cellules. Un verrou technologique majeur est de réussir à quantifier des protéines en très faible concentration, dans des milieux complexes avec une grande dynamique. Les chaînes d’analyse protéomique haute sensibilité associent différentes technologies assurant la préparation des échantillons, la séparation des protéines cibles et leur quantification. L’accent sera mis en particulier sur les techniques utilisant la spectrométrie de masse.
 
D’une manière générale, il s’agit de détecter des signaux faibles dans un environnement très perturbé. Ceci justifie le recours à des modèles et des méthodes d’analyse relevant des approches statistiques. Un point clé concerne l’étude de la fiabilité et de la robustesse des tests reposant sur une analyse protéomique.
 
D’un point de vue biologique, le problème s’inscrit dans l’étude de marqueurs moléculaires. Pour l’utilisateur, il s’agit de disposer de méthodes de traitement numérique pour les sélectionner, les identifier, les détecter, les quantifier, et classifier les échantillons. Dans l’ordre de complexité, ceci peut concerner un marqueur unique, un ensemble de marqueurs, ou un réseau structuré de marqueurs. Chaque problématique impose de mettre au point une méthode d’analyse adaptée. Elle nécessite aussi d’introduire dans les traitements des connaissances biologiques, physiques, chimiques sur les marqueurs et leur composition, et les couplages possibles entre les marqueurs.
 
D’un point de vue instrumentation, l’interprétation des mesures nécessite d’introduire une modélisation des chaînes d’acquisition et des techniques d’identification et d’étalonnage des paramètres de ces modèles. Les méthodes de traitement doivent pouvoir être adaptatives et robustes pour prendre en compte les fluctuations et les bruits sur la chaîne d’acquisition. Ceci devient d’autant plus nécessaire avec l’introduction des nanotechnologies dans les chaînes d’analyse, comme l’utilisation de nanobilles ou la nanochromatographie.

Objectif
L’objectif de cette journée est d’identifier les équipes intéressées par ces problématiques et d’établir un plan d’action pour monter une proposition de projet. La matinée sera consacrée à une présentation des équipes et l’après-midi à des discussions pour construire cette proposition. Sont invitées aussi bien les équipes souhaitant contribuer aux développements algorithmiques que les équipes souhaitant soumettre des applications. La participation de partenaires industriels est aussi recherchée.
 
Participation
Les personnes intéressées pour participer à cette journée sont priées de contacter et de s’inscrire auprès du comité scientifique.  L’accès à la réunion nécessite une autorisation d’entrée après inscription et la présentation d’une pièce d’identité à l’entrée du CEA/GRENOBLE.
Les personnes souhaitant présenter leurs travaux ou leurs besoins le matin sont invitées à soumettre un titre aux organisateurs avant le 10 octobre 2008.