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BiMoDyM : Bioinformatique, Dynamique Moléculaire et Modélisation

Le pôle de recherche Bioinformatique, Dynamique Moléculaire et Modélisation (BiMoDyM) constitue un véritable champ collaboratif de recherche interdisciplinaire à l'interface entre plusieurs disciplines académiques et la recherche clinique.

La recherche au sein de BiMoDyM se caractérise par l'hétérogénéité de ses objets d'étude (protéines et enzymes, récepteurs et non-récepteurs, protéines membranaires et cytoplasmiques), la diversité des méthodes théoriques utilisées et/ou développées pour leur analyse, et la variété des applications (biologie, clinique, pharmacologie).

Elle combine la modélisation et la simulation à différentes échelles, l'application et le développement de nouvelles méthodes mathématiques non-triviales, des observations cliniques et des données issues de l'expérimentation biologique.

Thématiques de recherche

  • Structure, interactions et mécanismes de la régulation allostérique des macromolécules
  • Méthodes d'analyse et leur application sur les cibles cliniques/pharmacologiques
  • Mécanisme des inhibitions des cibles thérapeutiques et phénomène de résistance aux inhibiteurs

L'axe principal des recherches menées au sein du pôle BiMoDyM est l'étude in silico des molécules biologiques, leurs propriétés dans leur fonctionnement / disfonctionnement, en relation avec des maladies sévères ou une résistance aux médicaments.

Les méthodes de modélisation et simulation moléculaire offrent des moyens de caractériser les propriétés dynamiques et énergétiques des protéines et permettent d'accéder à des échelles de temps et d'espace non-accessibles à sonder expérimentalement.
C'est sur ce versant que se déroule l'étude du rôle des mutations oncogènes sur la structure et dynamique des récepteurs à activité tyrosine kinase (RTKs) dans le contexte de divers cancers.
En savoir plus...

L'originalité des travaux en cours réside dans la description des cibles thérapeutiques au niveau atomique à partir des simulations de dynamique moléculaire (DM), et dans l'exploration de ces données par des méthodes mathématiques, pour révéler des mécanismes moléculaires complexes, comme la régulation allostérique des protéines, qui fait l'objet de la méthode MONETA.











Domaines de compétences

- Biologie computationnelle
-
Biologie structurale / Biophysique
- Modélisation et simulations de dynamiques moléculaire
-
Bioinformatique
- Méthodes mathématiques en modélisation des molécules
- Bases de données.

Prix et distinctions

Les travaux des équipes BiMoDyM ont été récompensés par de nombreux prix à l'international (Royal Chemical Society en 2014), et plusieurs prix de thèses pour ses jeunes chercheurs...

Cancer et mutations RTK

Les apports de la simulation numérique et de la visualisation 3D. Signalisation cellulaire par le récepteur tyrosine kinase KIT. (Extrait) Le film complet...


Réalisation Carole Battarel, Luba Tchertanov.