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Propositions de thèses BiMoDyM 2015
Modélisation du domaine cytoplasmique intégral du récepteur KIT : une ouverture à la simulation de son interactom
Modeling the full cytoplasmic domain of the KIT receptor: The first step to the simulations of its interactomLes récepteurs à activité tyrosine kinase (RTKs) jouent un rôle crucial dans la transmission de signaux cellulaires, à travers des événements de phosphorylation. Il s'agit d'obtenir les premiers modèles validés du domaine cytoplasmique d'un RTK : KIT, la description compréhensive de la signalisation de ce récepteur au niveau atomistique, et la prédiction d'interactom de RTKs.
La caractérisation des chemins de communication dans KIT et ses complexes (avec la méthode MONETA ainsi que le dispositif de visualisation 3D stéréoscopique SHIVA) seront les composants fondamentaux de ce projet.
Régulation allostérique de récepteur NMDA: Model computationnel de dynamique du canal ionique
Les récepteurs à NMDA (NMDARs), constituent l'un des principaux types de canaux ioniques activés par le
glutamate au niveau du
système nerveux central et dans certains tissus non-neuronaux. La dérégulation de l'activité de NMDAR provoque des
maladies sévères et par conséquent, la modulation de ces fonctions est une stratégie prometteuse en médecine.
Apport de la réalité virtuelle immersif à la modélisation interactive de simulations moléculaires dynamiques
Le développement constant d'environnements de visualisation immersive couplé à des dispositifs à retour d'effort (bras haptiques) est crucial pour la manipulation et l'exploration intuitive d'objets biologiques complexes et pour l'analyse de données massives représentant la simulation de leurs dynamiques. Ce projet implique donc le
développement de logiciel(s) haptique(s) le(s) plus avancé(s) pour le docking (notamment destinés aux industries pharmaceutiques).
Il évoluera au sein de la
plateforme de réalité virtuelle de l'Ecole normale supérieure de Cachan "SHIVA" (SHared Interaction & Visualization Area), qui est l'une des composantes du projet DIGISCOPE (EquipEx ANR-EQPX-10-26-1).