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Propositions de thèses BiMoDyM 2015

Modélisation du domaine cytoplasmique intégral du récepteur KIT : une ouverture à la simulation de son interactom


Modeling the full cytoplasmic domain of the KIT receptor:  The first step to the simulations of its interactom

Les récepteurs à activité tyrosine kinase (RTKs) jouent un rôle crucial dans la transmission de signaux cellulaires, à travers des événements de phosphorylation. Il s'agit d'obtenir les premiers modèles validés du domaine cytoplasmique d'un RTK : KIT, la description compréhensive de la signalisation de ce récepteur au niveau atomistique, et la prédiction d'interactom de RTKs

La caractérisation des chemins de communication dans KIT et ses complexes (avec la méthode MONETA  ainsi que le dispositif de visualisation 3D stéréoscopique SHIVA) seront les composants fondamentaux de ce projet. 



REAL

Régulation allostérique de récepteur NMDA: Model computationnel de dynamique du canal ionique

Les récepteurs à NMDA (NMDARs), constituent l'un des principaux types de canaux ioniques activés par le glutamate au niveau du système nerveux central et dans certains tissus non-neuronaux. La dérégulation de l'activité de NMDAR provoque des maladies sévères et par conséquent, la modulation de ces fonctions est une stratégie prometteuse en médecine.



REVIDYM

Apport de la réalité virtuelle immersif à la modélisation interactive de simulations moléculaires dynamiques

Le développement constant d'environnements de visualisation immersive couplé à des dispositifs à retour d'effort (bras haptiques) est crucial pour la manipulation et l'exploration intuitive d'objets biologiques complexes et pour l'analyse de données massives représentant la simulation de leurs dynamiques.

















Ce projet implique donc le développement de logiciel(s) haptique(s) le(s) plus avancé(s) pour le docking (notamment destinés aux industries pharmaceutiques).

Il évoluera au sein de la plateforme de réalité virtuelle de l'Ecole normale supérieure de Cachan "SHIVA" (SHared Interaction & Visualization Area), qui est l'une des composantes du projet DIGISCOPE (EquipEx ANR-EQPX-10-26-1).